SageMD - это программный пакет для молекулярно-динамического моделирования и мощный, удобный для пользователя инструмент молекулярной визуализации.
Графический интерфейс пользователя (GUI) упрощает взаимодействие пользователя с кодом MD и обеспечивает настройку исходных данных с помощью интуитивно понятных и простых
в использовании диалогов и меню. Исходные данные, результаты, параметры, ячейку MD и кристаллическую решетку можно проверить на экране компьютера. Удобный графический интерфейс
также позволяет анализировать результаты с помощью различных графиков и инструментов. Код SAGEMD может использоваться для моделирования свойств материалов при постоянной температуре и /
или постоянном давлении, для изучения поведения кристаллической решетки при разтяжении или сжатии, для вычисления радиальной функции распределения (RDF) и
для получения коэффициентов диффузии атомов. Пользователь может выбирать различные граничные условия, а именно: периодические граничные условия, свободные поверхности и подвижные стенки.
Кроме того, подход QEq для расчета межатомной энергии, учитывающий распределение атомного заряда, был включен в код SAGEMD для моделирования свойств материалов
с ковалентными химическими связями. Для получения атомных зарядов и других параметров силовых полей, используемых в SAGEMD,
использовались квантово-химические программы (например, GAUSSIAN, ABINIT).
ФУНКЦИИ
- Отображение трехмерных графических моделей атомных структур
- Простое использование построителя кристаллических решеток
- Операции копирования, перемещения и удаления выбранных атомов
- Вариант выбора атомов с помощью бокса, сферы, цилиндра и типа атома
- Выбор и отмена выбора атомов щелчком мыши
- Поворот и перемещение модели путем перемещения мыши
- Настройка цвета и размера атомов и цвета фона
- Расчет и отображение связей между атомами
- Ортогональные или перспективные виды моделей
- Возможность изменения качества рендеринга
- Расчет расстояния и углов между атомами
- Изменение типа выбранных атомов
- Масштабирование моделей
- Экспорт моделей в форматы car, xtl, fdf и xyz
- Удобство использования диалога для отображения и редактирования местоположения и типов атомов
- Отображение и маркировка осей решетки
- Копирование любой части экрана SageMD в буфер обмена в виде растрового изображения
- Отображение графика зависимости температуры от времени и отображение изменений структуры во время моделирования MD
- Отображение графиков RDF, MSD, температуры, энергии и напряжений после моделирования MD
- Копирование этих графиков в MS Excel и MS Word.
Чтобы узнать больше о SageMD, см. Страницу Часто задаваемых вопросов
|